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La Dra. Virgen Cáceres se desempeñó en el Proyecto CERES (Centro de Estudios, Recursos y Servicios a la Mujer) adscrito al Centro de Investigaciones Sociales de la Facultad de Ciencias Sociales, de la Universidad de Puerto Rico en Río Piedras del 1984 al 2006, proyecto que contribuyó al desarrollo de la política pública. Del 1998 al 2001 fue la coordinadora de este proyecto. En este, participó en múltiples proyectos de investigación sobre las mujeres y el género, entre ellos: la violencia doméstica, el hostigamiento sexual, las malas prácticas médicas, la depresión que se manifiesta en algunas mujeres luego del parto, la depresión que se manifiesta en algunas mujeres luego del parto, las tecnologías reproductivas, la salud ocupacional y la participación de las mujeres en la historia, las primeras décadas del siglo Veinte.
La doctora Cáceres coordinó el Grupo de Trabajo de la Vejez de la Facultad de Ciencias Sociales; así como el grupo de Raza, Racismo y Relaciones Raciales en la misma facultad entre 1996-1998.
Sus experiencias en la docencia incluyen: cursos de psicología básica- en el Programa de Bachillerato del Departamento de Psicología de la Universidad de Puerto Rico 1984-1985; y la Universidad Politécnica, 1985-1988. Del 2004-2006 impartió cursos a nivel graduado y de Bachillerato en la Universidad Interamericana en psicología de comunidad, psicología social y psicología básica.
Del 2005 al 2016 se desempeñó como profesora en el Instituto de Relaciones del Trabajo (IRT) de la Universidad de Puerto Rico, Facultad de Ciencias Sociales como Catedrática Auxiliar donde creó y coordinó el Centro de Estudios del Trabajo y Relaciones Laborales; así como el CRAI Adelaide Barela. También coordinó el Programa de Educación Obrera, el Comité de Currículo y el Comité de Bibloteca. Realizó la Evaluación de Programas, el Avalúo del aprendizaje, la Revisión Curricular del 2008 entre otros. En el IRT, ofreció cinco preparaciones diferentes: Trabajo, Sociedad y Cultura (3005); Introducción a las Investigaciones Laborales y sus Métodos Estadísticos (RELA 3085); Comportamiento Humano en las Organizaciones (RELA 3015); Laboratorio Práctico en Relaciones Laborales (RELA 4045; y Mujer, Trabajo. Asimismo, fue asesora académica del 2013 al 2021.
Actualmente se desempeña como investigadora del Centro de Investigaciones Sociales de la UPR, como auxiliar de investigación III.
La doctora Cáceres ha participado en múltiples publicaciones (libros, artículos de libros y de revistas académicas sobre los temas de violencia doméstica, hostigamiento sexual, personas de edad avanzada, la salud física mental y social de las mujeres, la salud ocupacional, la maternidad, las tecnologías reproductivas, la inserción laboral de las mujeres, la política pública y análisis de perspectiva de género; las mujeres y la reforma laboral; la mujer y el trabajo, la diversidad cultural, la construcción social de la juventud en Puerto Rico, la dominación social, el impacto del COVID 19 en las mujeres, la sostenibilidad alimentaria y los movimientos sociales, las mujeres y las políticas públicas entre otros; así como en informes de investigaciones institucionales, entre otros. Además, ha realizado y editado artículos periodísticos y publicaciones para comunidades.
La doctora Cáceres ha expuesto sus investigaciones y ponencias en congresos y conferencias nacionales e internacionales en: Australia, Barbados, Brasil, Chile, Cuba, Escocia, España, Estados Unidos, Nicaragua, Perú, República Dominicana, San Vicente y Granadinas, San Salvador, Uruguay y Venezuela.
La doctora Cáceres pertenece a varias organizaciones profesionales y comunitarias.